沿革
秘書室成立於民國44年，創校初始稱為「校長室」。自民國65年2月，首設「主任秘書」一職，而本室自民國82年起始稱為「秘書室」。近年來本校致力推動組織再造，故自民國96年3月起，原屬總務處的文書組併入秘書室成為第一組，原秘書室編制人員及業務則屬第二組。另為配合學校行政組織精簡，自民國107年12月起，第一組及第二組分別更名為文書議事組及綜合行政組。在編制上，置主任秘書一人，由校長聘請副教授以上教師兼任之，並置職員若干人。在組織上，秘書室為直屬校長之行政一級單位。
發展
本校成立之初，秘書室相關業務原係由校長室負責處理，直至民國82年校長室改稱為秘書室後，始改由秘書室負責掌理迄今。目前秘書室負責的業務包括：全校性公文審核、跨單位綜合事務協調與聯繫、全校性議事業務、校印掌理、綜合性案件彙辦、與業務相關之委員會暨工作小組、畢業典禮及校慶相關業務、性別平等教育業務以及校長臨時交辦事項等等。
秘書室成立至今，致力提升本校行政服務品質、改進公文處理流程、推動組織再造並充分支援教學及研究單位。尤其自民國95年7月起，全面實施公文電子化後，全校公文的管理、追蹤、稽催等工作效率，皆大幅提升。公文電子化不僅是技術及工具的革新，這種「隨時」、「隨地」傳送及處理公文的即時網絡系統，也進一步激發本校行政處理在觀念、方法及流程的全面革新，成為本校校務發展的進步與革新之原動力，讓東海展現高效率之行政新象。
願景
1.持續研發提高行政效率之具體措施。
2.推動本校各單位分層負責之規範。
3.推動檔案管理制度化、建構虛擬檔案室。
4.校務發展規劃、推動行政單位績效評鑑及提升行政服務品質。
5.因應高等教育的兢爭環境與大學法修正，持續推動行政與教學單位之組織再造工程，追求本校行政組織規模與人員配置最適化、教學與研究卓越化之目標。
